Kostel se nachází nedaleko vlakového nádraží, v areálu strakonického hřbitova. Jedná se, po strakonickém hradu, o druhou nejstarší stavbu ve Strakonicích. Původně gotický kostel byl přestavěn v renesanci a v baroku.
Hřbitovní kostel sv. Václava byl založen Bavorem III., který ještě vlastnil také strakonický hrad a panství. Byl založen v letech 1300-1310 ve vesnici Lom, která (když ještě existovala), se nacházela co by kamenem dohodil od Strakonic. Původně sloužil jako farní kostel této obci. Dnes ze vsi Lom kromě kostela nezůstala žádná památka. Duchovní správu nad farností měli kněží johanitského řádu. Farní statut měl kostel do roku 1787.
Kostel je jednolodní stavba. Dnes používaný vchod se nachází na severní straně kostela. Štítovou stěnu zdobí znak maltézského řádu. Nejstarší částí je patrně dnešní sakristie ( původně kaple ) a věž.
V roce 1945 byl kostel poškozen náletem a znovu opravován. V 70. letech 20. století došlo k další, částečné rekonstrukci.
Text byl sestaven s využitím materiálů Ing. arch. Mgr. Bc. Jiřího Kupky, Ph.D.